| 1. Jornada | 18.01.2009 | Jaguares Chiapas | - | Atlas Guadalajara | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 15.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 19.02.2009 | CF América | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 22.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 01.03.2009 | Puebla FC | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 08.03.2009 | Atlas Guadalajara | - | Indios Juárez | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 16.03.2009 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 0:1 | ||||
| 11. Jornada | 22.03.2009 | Atlas Guadalajara | - | UAG Tecos | 0:0 |  |
|||
| 12. Jornada | 05.04.2009 | CF Monterrey | - | Atlas Guadalajara | 2:2 | ||||
| 13. Jornada | 12.04.2009 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 4:1 | ||||
| 14. Jornada | 19.04.2009 | Santos Laguna | - | Atlas Guadalajara | 4:1 | |
|||
| 15. Jornada | 26.04.2009 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 10.05.2009 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 0:5 |
Chile