| 23. Jornada | 25.08.2016 | FK Jonava | - | Utenis Utena | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 08.09.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Jonava | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 |  |
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| 26. Jornada | 20.09.2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:4 | ||||
| 27. Jornada | 02.10.2016 | FK Trakai | - | FK Jonava | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 16.10.2016 | FK Jonava | - | FC Stumbras | 1:4 |
Moldavia