| Primera etapa | 30.06.2016 | UE Santa Coloma | - | Lokomotiva Zagreb | 1:3 | ||||
| Primera etapa | 07.07.2016 | Lokomotiva Zagreb | - | UE Santa Coloma | 4:1 | ||||
| Segunda etapa | 14.07.2016 | Rovaniemi PS | - | Lokomotiva Zagreb | 1:1 | ||||
| Segunda etapa | 21.07.2016 | Lokomotiva Zagreb | - | Rovaniemi PS | 3:0 |  |
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| Tercera ronda | 28.07.2016 | Lokomotiva Zagreb | - | Vorskla Poltava | 0:0 | ||||
| Tercera ronda | 04.08.2016 | Vorskla Poltava | - | Lokomotiva Zagreb | 2:3 | |
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| Playoffs | 18.08.2016 | Lokomotiva Zagreb | - | KRC Genk | 2:2 | |
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| Playoffs | 25.08.2016 | KRC Genk | - | Lokomotiva Zagreb | 2:0 |
Croacia