| 1. Jornada | 15.07.2016 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 2:0 | ||||
| 2. Jornada | 23.07.2016 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 0:2 | ||||
| 3. Jornada | 30.07.2016 | HNK Cibalia | - | NK Inter Zaprešić | 3:3 | ||||
| 12. Jornada | 15.10.2016 | NK Inter Zaprešić | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 23.10.2016 | HNK Rijeka | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 29.10.2016 | NK Inter Zaprešić | - | Dinamo Zagreb | 0:1 | ||||
| 16. Jornada | 19.11.2016 | NK Inter Zaprešić | - | RNK Split | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 05.12.2016 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 2:2 | ||||
| 19. Jornada | 09.12.2016 | Slaven Belupo | - | NK Inter Zaprešić | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 16.12.2016 | NK Inter Zaprešić | - | NK Osijek | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 04.03.2017 | Dinamo Zagreb | - | NK Inter Zaprešić | 2:0 |  |
|||
| 24. Jornada | 10.03.2017 | NK Inter Zaprešić | - | Lokomotiva Zagreb | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 18.03.2017 | RNK Split | - | NK Inter Zaprešić | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 09.04.2017 | NK Istra 1961 | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 21.04.2017 | NK Osijek | - | NK Inter Zaprešić | 2:1 |  |
|||
| 35. Jornada | 20.05.2017 | Hajduk Split | - | NK Inter Zaprešić | 6:0 |
Croacia