| 4. Jornada | 11.08.2012 | HNK Cibalia | - | NK Istra 1961 | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 18.08.2012 | NK Istra 1961 | - | NK Inter Zaprešić | 3:1 | ||||
| 11. Jornada | 06.10.2012 | HNK Rijeka | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2012 | Hajduk Split | - | NK Istra 1961 | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 10.11.2012 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 16.11.2012 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 01.12.2012 | NK Istra 1961 | - | NK Zadar | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 07.12.2012 | NK Zagreb | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 16.02.2013 | NK Istra 1961 | - | Lokomotiva Zagreb | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 09.03.2013 | Hajduk Split | - | NK Istra 1961 | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 16.03.2013 | NK Istra 1961 | - | Dinamo Zagreb | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 19.04.2013 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 0:2 | ||||
| 29. Jornada | 27.04.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 18.05.2013 | RNK Split | - | NK Istra 1961 | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 26.05.2013 | NK Istra 1961 | - | Lokomotiva Zagreb | 1:1 |
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