| 1. Jornada | 31.07.2016 | El Nacional | - | Deportivo Cuenca | 2:3 | ||||
| 2. Jornada | 06.08.2016 | Deportivo Cuenca | - | Aucas | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 20.08.2016 | Deportivo Cuenca | - | Club Deportivo River Plate Ecuador | 3:0 | ||||
| 5. Jornada | 27.08.2016 | Emelec | - | Deportivo Cuenca | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 08.10.2016 | Deportivo Cuenca | - | LDU Quito | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 15.10.2016 | Barcelona | - | Deportivo Cuenca | 5:0 | ||||
| 14. Jornada | 20.10.2016 | Deportivo Cuenca | - | Delfín SC | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 23.10.2016 | Universidad Catolica | - | Deportivo Cuenca | 3:2 | ||||
| 16. Jornada | 30.10.2016 | Deportivo Cuenca | - | Independiente del Valle | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 04.11.2016 | Fuerza Amarilla | - | Deportivo Cuenca | 3:0 | ||||
| 20. Jornada | 27.11.2016 | Deportivo Cuenca | - | Mushuc Runa | 3:1 |  |
|||
| 21. Jornada | 04.12.2016 | Aucas | - | Deportivo Cuenca | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 10.12.2016 | Deportivo Cuenca | - | El Nacional | 1:1 | |
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