| 7. Jornada | 28.08.2016 | MŠK Žilina | - | AS Trenčín | 4:0 |  |
|||
| 10. Jornada | 24.09.2016 | Zlaté Moravce | - | MŠK Žilina | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 01.10.2016 | MŠK Žilina | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 15.10.2016 | FC DAC 1904 | - | MŠK Žilina | 0:6 | ||||
| 13. Jornada | 22.10.2016 | MFK Ružomberok | - | MŠK Žilina | 0:2 | ||||
| 14. Jornada | 30.10.2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 06.11.2016 | MŠK Žilina | - | Spartak Trnava | 7:0 | ||||
| 16. Jornada | 20.11.2016 | Spartak Myjava | - | MŠK Žilina | anu. | ||||
| 17. Jornada | 26.11.2016 | MŠK Žilina | - | Slovan Bratislava | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 18.02.2017 | FK Senica | - | MŠK Žilina | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 26.02.2017 | MŠK Žilina | - | Zlaté Moravce | 4:1 | ||||
| 22. Jornada | 05.03.2017 | FO ŽP Šport Podbrezová | - | MŠK Žilina | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 11.03.2017 | FC DAC 1904 | - | MŠK Žilina | 2:2 | ||||
| 25. Jornada | 02.04.2017 | MŠK Žilina | - | 1. FC Tatran Prešov | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 09.04.2017 | Spartak Trnava | - | MŠK Žilina | 1:2 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2017 | Slovan Bratislava | - | MŠK Žilina | 0:1 | ||||
| 29. Jornada | 28.04.2017 | AS Trenčín | - | MŠK Žilina | 2:1 | ||||
| 31. Jornada | 13.05.2017 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 3:2 |
Eslovaquia