| 3. Jornada | 09.02.2025 | Unión Magdalena | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 4. Jornada | 14.02.2025 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 2:0 |  |
|||
| 5. Jornada | 19.02.2025 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 6. Jornada | 25.02.2025 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 1:2 | ||||
| 7. Jornada | 01.03.2025 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 8. Jornada | 09.03.2025 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 17.03.2025 | Llaneros FC | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
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| 11. Jornada | 01.04.2025 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 07.04.2025 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 13.04.2025 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 3:3 | ||||
| 14. Jornada | 16.04.2025 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 15. Jornada | 20.04.2025 | Atlético Junior | - | Alianza FC | 2:0 | |
|||
| 16. Jornada | 27.04.2025 | Deportivo Pereira | - | Atlético Junior | 1:0 | |
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| 17. Jornada | 04.05.2025 | Atlético Junior | - | América de Cali | 0:0 | |
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| 19. Jornada | 17.05.2025 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 2:1 | |
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