| 9. Jornada | 14.04.2013 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 3:0 |  |
|||
| 11. Jornada | 25.04.2013 | Cienciano | - | Juan Aurich | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 28.04.2013 | Alianza Lima | - | Cienciano | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 03.05.2013 | Cienciano | - | León de Huánuco | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 06.05.2013 | Universidad Técnica | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 18.06.2013 | Cienciano | - | Unión Comercio | 0:2 | ||||
| 21. Jornada | 23.06.2013 | José Gálvez | - | Cienciano | 3:2 | ||||
| 23. Jornada | 05.07.2013 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 2:1 | |
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| 24. Jornada | 09.07.2013 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 20.07.2013 | Juan Aurich | - | Cienciano | 6:1 | ||||
| 17. Jornada | 31.07.2013 | Real Garcilaso | - | Cienciano | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 04.08.2013 | Cienciano | - | Alianza Lima | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 18.08.2013 | Cienciano | - | Universidad Técnica | 3:1 |
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