| 1. Jornada | 22.01.2006 | Monarcas Morelia | - | Cruz Azul | 0:1 | ||||
| 2. Jornada | 29.01.2006 | Cruz Azul | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 02.02.2006 | UAG Tecos | - | Cruz Azul | 2:1 |  |
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| 4. Jornada | 05.02.2006 | Cruz Azul | - | Deportivo Toluca | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 11.02.2006 | Jaguares Chiapas | - | Cruz Azul | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 19.02.2006 | Cruz Azul | - | Pumas UNAM | 3:1 |  |
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| 7. Jornada | 26.02.2006 | Atlante | - | Cruz Azul | 1:2 | ||||
| 8. Jornada | 05.03.2006 | Cruz Azul | - | UANL Tigres | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 12.03.2006 | Dorados de Sinaloa | - | Cruz Azul | 2:2 | |
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| 10. Jornada | 16.03.2006 | Cruz Azul | - | Santos Laguna | 4:1 | |
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| 11. Jornada | 19.03.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Cruz Azul | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 26.03.2006 | Cruz Azul | - | Club Necaxa | 3:1 |  |
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| 14. Jornada | 09.04.2006 | Cruz Azul | - | Veracruz (old) | 3:0 | ||||
| 15. Jornada | 16.04.2006 | Cruz Azul | - | CF América | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 23.04.2006 | CF Monterrey | - | Cruz Azul | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 30.04.2006 | Cruz Azul | - | CF Pachuca | 3:2 | |
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