| 15. Jornada | 27.05.2012 | Cobresol FBC | - | Cienciano | 0:2 |  |
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| 16. Jornada | 16.06.2012 | Sport Boys | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 23.06.2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:3 | ||||
| 18. Jornada | 27.06.2012 | León de Huánuco | - | Cienciano | 4:1 | ||||
| 19. Jornada | 01.07.2012 | Cienciano | - | Real Garcilaso | 2:0 | |
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| 20. Jornada | 05.07.2012 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 3:2 | ||||
| 21. Jornada | 08.07.2012 | Cienciano | - | César Vallejo | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 11.07.2012 | Unión Comercio | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 23. Jornada | 15.07.2012 | Cienciano | - | FBC Melgar | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 18.07.2012 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 25. Jornada | 22.07.2012 | Cienciano | - | Alianza Lima | 3:2 | |
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| 26. Jornada | 25.07.2012 | Inti Gas | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 29.07.2012 | José Gálvez | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 28. Jornada | 05.08.2012 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 2:1 | |
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| 29. Jornada | 08.08.2012 | Juan Aurich | - | Cienciano | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 12.08.2012 | Cienciano | - | Cobresol FBC | 4:0 |
Perú