| 3. Jornada | 10.09.2016 | AO Kerkyra | - | Platanias Chanion | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 18.09.2016 | AO Kerkyra | - | AE Lárissa | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 25.09.2016 | Levadiakos | - | AO Kerkyra | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 01.10.2016 | AO Kerkyra | - | PAS Giannina | 0:1 | ||||
| 7. Jornada | 15.10.2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 16. Jornada | 18.01.2017 | Atromitos | - | AO Kerkyra | 1:4 | ||||
| 17. Jornada | 22.01.2017 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 29.01.2017 | Platanias Chanion | - | AO Kerkyra | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 01.02.2017 | AEP Iraklis FC | - | AO Kerkyra | 0:0 | ||||
| 19. Jornada | 04.02.2017 | AE Lárissa | - | AO Kerkyra | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 12.02.2017 | AO Kerkyra | - | Levadiakos | 1:0 |  |
|||
| 23. Jornada | 05.03.2017 | Asteras Tripolis | - | AO Kerkyra | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 12.03.2017 | AO Kerkyra | - | Xanthi FC | 1:0 | |
|||
| 25. Jornada | 18.03.2017 | Veria FC | - | AO Kerkyra | 4:0 | |
|||
| 26. Jornada | 02.04.2017 | AO Kerkyra | - | AEP Iraklis FC | 0:3 | ||||
| 29. Jornada | 23.04.2017 | AO Kerkyra | - | Panionios GSS | 1:0 | |
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