| 18. Jornada | 07.02.1999 | Ethnikos Piraeus | - | OFI Heraklion | 1:3 | ||||
| 19. Jornada | 14.02.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Paniliakos Pyrgos | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 21.02.1999 | AO Proodeftiki | - | Ethnikos Piraeus | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Ethnikos Asteras | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 07.03.1999 | PAOK Saloniki | - | Ethnikos Piraeus | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Ionikos Nikea | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | Aris Saloniki | - | Ethnikos Piraeus | 4:0 | ||||
| 25. Jornada | 28.03.1999 | Ethnikos Piraeus | - | AO Kavala | 0:2 | ||||
| 26. Jornada | 19.04.1999 | Panathinaikos | - | Ethnikos Piraeus | 5:1 | ||||
| 31. Jornada | 16.05.1999 | AEK Athen | - | Ethnikos Piraeus | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 20.05.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 2:3 | ||||
| 33. Jornada | 23.05.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Ethnikos Piraeus | 3:0 | ||||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | Ethnikos Piraeus | - | Veria FC | 0:2 |
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