| 20. Jornada | 01.03.2009 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:0 |  |
|||
| 22. Jornada | 15.03.2009 | HNK Rijeka | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 22.03.2009 | NK Varteks | - | NK Zadar | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 05.04.2009 | NK Varteks | - | NK Zagreb | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 11.04.2009 | HNK Rijeka | - | NK Varteks | 4:1 | ||||
| 26. Jornada | 19.04.2009 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 22.04.2009 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 2:1 | |
|||
| 28. Jornada | 26.04.2009 | NK Varteks | - | Dinamo Zagreb | 1:6 | ||||
| 29. Jornada | 03.05.2009 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 0:1 | |
|||
| 31. Jornada | 17.05.2009 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 24.05.2009 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 31.05.2009 | NK Croatia Sesvete | - | NK Varteks | 2:1 |
Croacia