| 3. Jornada | 16.02.2013 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 2:2 |  |
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| 4. Jornada | 24.02.2013 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 03.03.2013 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 0:2 |  |
|||
| 7. Jornada | 17.03.2013 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:3 | ||||
| 8. Jornada | 01.04.2013 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 08.04.2013 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Junior | 1:2 | ||||
| 10. Jornada | 14.04.2013 | Atlético Junior | - | Itagüi Ditaires | 3:2 | ||||
| 11. Jornada | 18.04.2013 | Deportes Quindío | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 22.04.2013 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 2:0 | |
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| 13. Jornada | 28.04.2013 | Deportivo Cali | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 14. Jornada | 04.05.2013 | Atlético Junior | - | Alianza Petrolera | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 12.05.2013 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 19.05.2013 | Millonarios | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 26.05.2013 | Atlético Junior | - | La Equidad | 0:0 |
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