| 6. Jornada | 30.09.2006 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 2:2 | ||||
| 13. Jornada | 03.12.2006 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 10.12.2006 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 07.01.2007 | Panionios GSS | - | Iraklis Saloniki | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 14.01.2007 | Olympiacos | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 27.01.2007 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 04.02.2007 | Panionios GSS | - | Apollon Kalamarias | 3:1 | ||||
| 21. Jornada | 10.02.2007 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 0:0 |  |
|||
| 22. Jornada | 18.02.2007 | AE Lárissa | - | Panionios GSS | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 04.03.2007 | AO Egaleo | - | Panionios GSS | 0:2 | ||||
| 26. Jornada | 18.03.2007 | Skoda Xanthi | - | Panionios GSS | 1:1 | |
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