| 3. Jornada | 20.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF América | 2:0 |  |
|||
| 4. Jornada | 27.08.2006 | Monarcas Morelia | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 5. Jornada | 31.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club San Luis | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 03.09.2006 | UANL Tigres | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | |
|||
| 10. Jornada | 24.09.2006 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:0 | |
|||
| 11. Jornada | 01.10.2006 | Santos Laguna | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | |
|||
| 12. Jornada | 08.10.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 15.10.2006 | Cruz Azul | - | Atlas Guadalajara | 2:1 | |
|||
| 14. Jornada | 22.10.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Monterrey | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 29.10.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 3:1 | |
|||
| 17. Jornada | 11.11.2006 | Gallos Blancos (old) | - | Atlas Guadalajara | 1:1 |
México