| 1. Jornada | 27.07.2008 | Sport Boys | - | Cienciano | 0:0 |  |
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| 5. Jornada | 10.08.2008 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 17.08.2008 | Cienciano | - | Sporting Cristal | 2:1 | ||||
| 13. Jornada | 28.09.2008 | Cienciano | - | Alianza Atlético | 2:1 | |
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| 14. Jornada | 06.10.2008 | César Vallejo | - | Cienciano | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 19.10.2008 | Cienciano | - | Sport Boys | 4:1 | ||||
| 16. Jornada | 22.10.2008 | José Gálvez | - | Cienciano | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 26.10.2008 | Cienciano | - | FBC Melgar | 3:1 | ||||
| 18. Jornada | 02.11.2008 | Universitario de Deportes | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 05.11.2008 | Cienciano | - | Universidad San Martín | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 09.11.2008 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 2:1 | |
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| 21. Jornada | 15.11.2008 | Cienciano | - | Juan Aurich | 3:1 | |
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| 22. Jornada | 23.11.2008 | Cienciano | - | Atletico Minero | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 03.12.2008 | Cienciano | - | Alianza Lima | 4:1 | ||||
| 25. Jornada | 07.12.2008 | Cienciano | - | Coronel Bolognesi | 2:2 |
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