| 20. Jornada | 24.07.2016 | FC Levadia | - | Paide Linnameeskond | 7:1 |  |
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| 21. Jornada | 29.07.2016 | Pärnu Linnameeskond | - | FC Levadia | 0:4 | ||||
| 19. Jornada | 01.08.2016 | FC Flora | - | FC Levadia | 6:1 | ||||
| 22. Jornada | 06.08.2016 | FC Levadia | - | JK Sillamäe Kalev | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 13.08.2016 | FC Infonet | - | FC Levadia | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 16.08.2016 | JK Tammeka | - | FC Levadia | 1:2 |  |
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| 25. Jornada | 20.08.2016 | FC Levadia | - | Rakvere JK Tarvas | 4:0 | |
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| 26. Jornada | 23.08.2016 | FC Levadia | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 | |
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| 27. Jornada | 26.08.2016 | JK Narva Trans | - | FC Levadia | 3:1 | |
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| 28. Jornada | 10.09.2016 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 5:0 | |
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| 30. Jornada | 17.09.2016 | Paide Linnameeskond | - | FC Levadia | 0:4 | |
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| 31. Jornada | 24.09.2016 | FC Levadia | - | JK Tammeka | 4:0 | ||||
| 32. Jornada | 01.10.2016 | FC Levadia | - | FC Infonet | 2:2 | |
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| 33. Jornada | 15.10.2016 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 3:2 | |
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| 35. Jornada | 29.10.2016 | Rakvere JK Tarvas | - | FC Levadia | 0:1 | |
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| 36. Jornada | 05.11.2016 | FC Levadia | - | FC Flora | 2:1 | |
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