| 1. Jornada | 31.08.2008 | Panionios GSS | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 2. Jornada | 13.09.2008 | Skoda Xanthi | - | Olympiacos | 0:1 |  |
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| 6. Jornada | 19.10.2008 | Levadiakos | - | Skoda Xanthi | 0:0 | |
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| 7. Jornada | 26.10.2008 | Skoda Xanthi | - | Panserraikos | 2:1 | ||||
| 8. Jornada | 02.11.2008 | OFI Heraklion | - | Skoda Xanthi | 0:2 | |
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| 9. Jornada | 08.11.2008 | Skoda Xanthi | - | AEK Athen | 1:1 | |
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| 11. Jornada | 23.11.2008 | Skoda Xanthi | - | Aris Saloniki | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 30.11.2008 | Ergotelis | - | Skoda Xanthi | 0:0 | |
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| 14. Jornada | 13.12.2008 | PAOK Saloniki | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 20.12.2008 | Iraklis Saloniki | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 10.01.2009 | Olympiacos | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 18.01.2009 | Skoda Xanthi | - | AE Lárissa | 1:1 | |
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| 20. Jornada | 01.02.2009 | Skoda Xanthi | - | Asteras Tripolis | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 08.02.2009 | Skoda Xanthi | - | Levadiakos | 4:0 | |
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| 22. Jornada | 15.02.2009 | Panserraikos | - | Skoda Xanthi | 1:0 | |
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| 25. Jornada | 08.03.2009 | Skoda Xanthi | - | Panthrakikos | 1:0 | |
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| 26. Jornada | 14.03.2009 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 22.03.2009 | Skoda Xanthi | - | Ergotelis | 0:1 | |
Grecia