| 1. Jornada | 23.08.1998 | Apollon Smyrnis | - | Olympiacos | 2:5 |  |
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| 2. Jornada | 30.08.1998 | AEK Athen | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | |
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| 3. Jornada | 13.09.1998 | Panionios GSS | - | Apollon Smyrnis | 4:2 | ||||
| 4. Jornada | 20.09.1998 | Apollon Smyrnis | - | Panelefsiniakos Elefsinas | 1:1 | |
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| 6. Jornada | 04.10.1998 | Apollon Smyrnis | - | OFI Heraklion | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 13.12.1998 | Apollon Smyrnis | - | AO Kavala | 1:1 | |
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| 14. Jornada | 20.12.1998 | Panathinaikos | - | Apollon Smyrnis | 5:0 | ||||
| 19. Jornada | 14.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | |
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| 22. Jornada | 06.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | |
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| 31. Jornada | 16.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panathinaikos | 1:3 | ||||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | Skoda Xanthi | - | Apollon Smyrnis | 1:0 |
Grecia