| 17. Jornada | 01.03.2025 | SFC Opava | - | FK Varnsdorf | 0:1 |  |
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| 18. Jornada | 09.03.2025 | FK Varnsdorf | - | Zbrojovka Brno | 0:3 | ||||
| 19. Jornada | 16.03.2025 | FK Varnsdorf | - | AC Sparta Praha B | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 29.03.2025 | MFK Chrudim | - | FK Varnsdorf | 2:1 | ||||
| 21. Jornada | 06.04.2025 | FK Varnsdorf | - | SK Líšeň | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 12.04.2025 | MFK Vyškov | - | FK Varnsdorf | 2:2 |  |
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| 23. Jornada | 16.04.2025 | FK Varnsdorf | - | FK MAS Táborsko | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 20.04.2025 | Sigma Olomouc B | - | FK Varnsdorf | 0:3 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2025 | FK Varnsdorf | - | 1. SK Prostějov | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 02.05.2025 | FC Zlín | - | FK Varnsdorf | 2:0 | ||||
| 27. Jornada | 07.05.2025 | FK Varnsdorf | - | Vysočina Jihlava | 2:2 | ||||
| 28. Jornada | 11.05.2025 | FC Sellier & Bellot Vlašim | - | FK Varnsdorf | 1:1 | |
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| 29. Jornada | 17.05.2025 | FK Varnsdorf | - | Slavia Praha B | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 25.05.2025 | Viktoria Žižkov | - | FK Varnsdorf | 6:2 |
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