| 4. Jornada | 18.07.2016 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 31.07.2016 | Atlético Junior | - | Alianza Petrolera | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 |  |
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| 9. Jornada | 21.08.2016 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:1 |  |
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| 10. Jornada | 29.08.2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 04.09.2016 | Jaguares de Córdoba | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 1. Jornada | 08.09.2016 | Atlético Huila | - | Atlético Junior | 3:1 | ||||
| 11. Jornada | 11.09.2016 | Atlético Junior | - | Fortaleza FC | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 26.09.2016 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 3. Jornada | 08.10.2016 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 3:2 | ||||
| 16. Jornada | 16.10.2016 | Atlético Bucaramanga | - | Atlético Junior | 3:0 | ||||
| 17. Jornada | 23.10.2016 | Deportivo Cali | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 30.10.2016 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 04.11.2016 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 | ||||
| 19. Jornada | 06.11.2016 | Cortuluá | - | Atlético Junior | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 10.11.2016 | Atlético Nacional | - | Atlético Junior | 2:2 |
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