| 1. Jornada | 28.08.2011 | AO Kerkyra | - | Panathinaikos | 0:2 |  |
|||
| 2. Jornada | 11.09.2011 | Panathinaikos | - | PAS Giannina | 3:1 | ||||
| 3. Jornada | 17.09.2011 | Atromitos | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 16.10.2011 | Skoda Xanthi | - | Panathinaikos | 2:3 | ||||
| 10. Jornada | 19.11.2011 | Olympiacos | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 27.11.2011 | Panathinaikos | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 12. Jornada | 04.12.2011 | Aris Saloniki | - | Panathinaikos | 3:1 | |
|||
| 15. Jornada | 04.01.2012 | Panetolikos | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 08.01.2012 | Panathinaikos | - | AO Kerkyra | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 15.01.2012 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 22.01.2012 | Panathinaikos | - | Atromitos | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 29.01.2012 | Doxa Dramas FC | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 20. Jornada | 04.02.2012 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 18.03.2012 | Panathinaikos | - | Olympiacos | 0:3 | ||||
| 26. Jornada | 24.03.2012 | OFI Heraklion | - | Panathinaikos | 0:1 | |
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| 27. Jornada | 01.04.2012 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 08.04.2012 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 3:0 | |
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| 30. Jornada | 22.04.2012 | Panathinaikos | - | Panetolikos | 4:0 |
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