| 1. Jornada | 27.01.2024 | FBC Melgar | - | Cusco FC | 2:3 |  |
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| 2. Jornada | 02.02.2024 | Cusco FC | - | Universidad Técnica | 1:1 | |
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| 3. Jornada | 12.02.2024 | Sport Huancayo | - | Cusco FC | 2:0 | ||||
| 4. Jornada | 18.02.2024 | Cusco FC | - | Deportivo Garcilaso | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 24.02.2024 | Sport Boys | - | Cusco FC | 3:0 | ||||
| 6. Jornada | 03.03.2024 | César Vallejo | - | Cusco FC | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 07.03.2024 | Cusco FC | - | Alianza Atlético | 2:0 | ||||
| 8. Jornada | 13.03.2024 | Universitario de Deportes | - | Cusco FC | 1:0 |  |
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| 10. Jornada | 08.04.2024 | Comerciantes Unidos | - | Cusco FC | 0:1 | |
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| 11. Jornada | 15.04.2024 | Cusco FC | - | AD Tarma | 3:2 | ||||
| 12. Jornada | 21.04.2024 | Sporting Cristal | - | Cusco FC | 2:0 | |
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| 13. Jornada | 28.04.2024 | Cusco FC | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 04.05.2024 | Los Chankas | - | Cusco FC | 2:0 | ||||
| 15. Jornada | 11.05.2024 | Cusco FC | - | Mannucci | 3:0 | |
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| 16. Jornada | 17.05.2024 | Atlético Grau | - | Cusco FC | 4:0 | ||||
| 17. Jornada | 25.05.2024 | Cusco FC | - | Alianza Lima | 3:0 | |
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