| Primera etapa | 12.08.2016 | Deportes Tolima | - | Deportivo La Guaira | 0:0 | ||||
| Primera etapa | 17.08.2016 | Deportivo La Guaira | - | Deportes Tolima | 1:0 | ||||
| Segunda etapa | 24.08.2016 | Deportivo La Guaira | - | Emelec | 4:2 | ||||
| Segunda etapa | 14.09.2016 | Emelec | - | Deportivo La Guaira | 0:0 |  |
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| Octavos de final | 23.09.2016 | San Lorenzo | - | Deportivo La Guaira | 2:1 | |
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| Octavos de final | 30.09.2016 | Deportivo La Guaira | - | San Lorenzo | 0:2 |
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