| 1. Jornada | 29.07.2013 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
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| 2. Jornada | 04.08.2013 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 1:0 | |
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| 3. Jornada | 11.08.2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 1:1 | |
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| 5. Jornada | 22.08.2013 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Junior | 1:5 | ||||
| 6. Jornada | 26.08.2013 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 29.08.2013 | Santa Fe | - | Atlético Junior | 3:0 | |
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| 8. Jornada | 02.09.2013 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 0:1 | ||||
| 9. Jornada | 15.09.2013 | Atlético Junior | - | Cúcuta Deportivo | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 26.09.2013 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 29.09.2013 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 13. Jornada | 03.10.2013 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 1:1 | |
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| 14. Jornada | 05.10.2013 | Alianza Petrolera | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 20.10.2013 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 3:3 |  |
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| 17. Jornada | 03.11.2013 | La Equidad | - | Atlético Junior | 2:2 | ||||
| 18. Jornada | 10.11.2013 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 3:2 |
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