| 1. Jornada | 18.01.2009 | Deportivo Toluca | - | Atlante | 3:3 |  |
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| 2. Jornada | 25.01.2009 | Atlante | - | Monarcas Morelia | 2:0 | |
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| 3. Jornada | 01.02.2009 | CF Pachuca | - | Atlante | 1:1 | |
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| 4. Jornada | 08.02.2009 | Atlante | - | Jaguares Chiapas | 0:2 |  |
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| 5. Jornada | 15.02.2009 | Atlas Guadalajara | - | Atlante | 1:0 | |
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| 6. Jornada | 19.02.2009 | Atlante | - | UANL Tigres | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 22.02.2009 | Club San Luis | - | Atlante | 1:1 | |
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| 8. Jornada | 01.03.2009 | Cruz Azul | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 08.03.2009 | Atlante | - | CF América | 3:1 | |
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| 10. Jornada | 15.03.2009 | Pumas UNAM | - | Atlante | 3:1 | ||||
| 11. Jornada | 22.03.2009 | Atlante | - | Puebla FC | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 05.04.2009 | Indios Juárez | - | Atlante | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 12.04.2009 | Atlante | - | Deportivo Guadalajara | 2:2 | ||||
| 14. Jornada | 18.04.2009 | UAG Tecos | - | Atlante | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 26.04.2009 | Atlante | - | CF Monterrey | 0:1 | ||||
| 16. Jornada | 03.05.2009 | Club Necaxa | - | Atlante | 1:1 | |
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