| 7. Jornada | 15.03.2009 | Atlético Junior | - | Real Cartagena | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 20.03.2009 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 9. Jornada | 22.03.2009 | Real Cartagena | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 10. Jornada | 05.04.2009 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 3:1 | ||||
| 12. Jornada | 19.04.2009 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 2:1 |  |
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| 14. Jornada | 30.04.2009 | Atlético Junior | - | La Equidad | 1:1 | |
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| 16. Jornada | 10.05.2009 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 4:0 |  |
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| 17. Jornada | 14.05.2009 | Atlético Junior | - | Deportes Quindío | 4:1 | ||||
| 18. Jornada | 17.05.2009 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 1:0 |
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