| 8. Jornada | 20.04.2016 | FK Sūduva | - | FK Jonava | 3:0 | ||||
| 10. Jornada | 04.05.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Jonava | 1:5 | ||||
| 11. Jornada | 08.05.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 2:0 | ||||
| 13. Jornada | 22.05.2016 | FK Trakai | - | FK Jonava | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 22.06.2016 | Utenis Utena | - | FK Jonava | 3:1 | ||||
| 21. Jornada | 11.08.2016 | FC Stumbras | - | FK Jonava | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 17.08.2016 | FK Sūduva | - | FK Jonava | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 25.08.2016 | FK Jonava | - | Utenis Utena | 1:0 |  |
|||
| 24. Jornada | 08.09.2016 | Kauno Žalgiris | - | FK Jonava | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 15.09.2016 | FK Atlantas | - | FK Jonava | 0:0 | |
|||
| 26. Jornada | 20.09.2016 | FK Jonava | - | FK Žalgiris | 0:4 | ||||
| 27. Jornada | 02.10.2016 | FK Trakai | - | FK Jonava | 0:2 | ||||
| 28. Jornada | 16.10.2016 | FK Jonava | - | FC Stumbras | 1:4 |
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