| 1. Jornada | 20.08.2006 | AO Kerkyra | - | Apollon Kalamarias | 2:1 | ||||
| 2. Jornada | 27.08.2006 | Apollon Kalamarias | - | AO Egaleo | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 10.09.2006 | Ionikos Nikea | - | Apollon Kalamarias | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 17.09.2006 | Apollon Kalamarias | - | Skoda Xanthi | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 24.09.2006 | Apollon Kalamarias | - | Panionios GSS | 1:1 |  |
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| 6. Jornada | 01.10.2006 | PAOK Saloniki | - | Apollon Kalamarias | 1:1 |  |
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| 8. Jornada | 28.10.2006 | AEK Athen | - | Apollon Kalamarias | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 05.11.2006 | Apollon Kalamarias | - | Iraklis Saloniki | 2:1 |  |
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| 15. Jornada | 17.12.2006 | AE Lárissa | - | Apollon Kalamarias | 0:1 | ||||
| 16. Jornada | 07.01.2007 | Apollon Kalamarias | - | AO Kerkyra | 1:0 |
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