| 1. Jornada | 30.08.2008 | OFI Heraklion | - | PAOK Saloniki | 0:2 |  |
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| 2. Jornada | 14.09.2008 | PAOK Saloniki | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 19.10.2008 | PAOK Saloniki | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 16.11.2008 | Olympiacos | - | PAOK Saloniki | 2:0 | ||||
| 11. Jornada | 23.11.2008 | PAOK Saloniki | - | AE Lárissa | 1:0 | ||||
| 12. Jornada | 29.11.2008 | Thrasyvoulos Fylis | - | PAOK Saloniki | 1:2 |  |
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| 13. Jornada | 07.12.2008 | PAOK Saloniki | - | Asteras Tripolis | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 13.12.2008 | PAOK Saloniki | - | Skoda Xanthi | 1:0 | |
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| 15. Jornada | 20.12.2008 | Panserraikos | - | PAOK Saloniki | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 04.01.2009 | PAOK Saloniki | - | OFI Heraklion | 2:0 | ||||
| 17. Jornada | 11.01.2009 | AEK Athen | - | PAOK Saloniki | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 25.01.2009 | Aris Saloniki | - | PAOK Saloniki | 0:0 |
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