| 5. Jornada | 26.08.2006 | NK Međimurje | - | HNK Šibenik | 2:1 | ||||
| 6. Jornada | 09.09.2006 | HNK Šibenik | - | HNK Cibalia | 1:0 | ||||
| 7. Jornada | 16.09.2006 | Kamen Ingrad | - | HNK Šibenik | 3:1 | ||||
| 8. Jornada | 23.09.2006 | HNK Šibenik | - | NK Zagreb | 1:0 |  |
|||
| 9. Jornada | 30.09.2006 | HNK Rijeka | - | HNK Šibenik | 1:3 | ||||
| 11. Jornada | 21.10.2006 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:1 | |
|||
| 17. Jornada | 25.11.2006 | HNK Cibalia | - | HNK Šibenik | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 02.12.2006 | HNK Šibenik | - | Kamen Ingrad | 4:1 |
Croacia