| 15. Jornada | 16.01.1999 | Aris Saloniki | - | OFI Heraklion | 3:1 | ||||
| 20. Jornada | 20.02.1999 | Ionikos Nikea | - | Aris Saloniki | 3:0 | ||||
| 21. Jornada | 28.02.1999 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 3:2 | ||||
| 22. Jornada | 07.03.1999 | Aris Saloniki | - | AO Kavala | 3:1 | ||||
| 23. Jornada | 14.03.1999 | Panathinaikos | - | Aris Saloniki | 3:1 | ||||
| 24. Jornada | 21.03.1999 | Aris Saloniki | - | Ethnikos Piraeus | 4:0 |  |
|||
| 25. Jornada | 04.04.1999 | Iraklis Saloniki | - | Aris Saloniki | 2:1 | |
|||
| 26. Jornada | 18.04.1999 | Aris Saloniki | - | Skoda Xanthi | 1:2 | ||||
| 27. Jornada | 25.04.1999 | Olympiacos | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 02.05.1999 | Aris Saloniki | - | AEK Athen | 2:0 | ||||
| 29. Jornada | 09.05.1999 | Aris Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 12.05.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Aris Saloniki | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 16.05.1999 | Aris Saloniki | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 32. Jornada | 19.05.1999 | OFI Heraklion | - | Aris Saloniki | 2:4 | |
|||
| 33. Jornada | 23.05.1999 | Aris Saloniki | - | Paniliakos Pyrgos | 3:1 | ||||
| 34. Jornada | 30.05.1999 | AO Proodeftiki | - | Aris Saloniki | 2:1 |
Chipre