| 2. Jornada | 05.08.2006 | NK Varteks | - | NK Međimurje | 3:1 |  |
|||
| 3. Jornada | 12.08.2006 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:2 | ||||
| 4. Jornada | 19.08.2006 | NK Varteks | - | Kamen Ingrad | 3:0 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2006 | NK Zagreb | - | NK Varteks | 3:0 | ||||
| 6. Jornada | 10.09.2006 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 16.09.2006 | Hajduk Split | - | NK Varteks | 3:1 | ||||
| 8. Jornada | 23.09.2006 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 3:2 | ||||
| 17. Jornada | 25.11.2006 | HNK Rijeka | - | NK Varteks | 2:2 |  |
|||
| 18. Jornada | 02.12.2006 | NK Varteks | - | Hajduk Split | 0:1 |
Croacia