| 3. Jornada | 26.10.2016 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:1 | ||||
| 12. Jornada | 30.10.2016 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 05.11.2016 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 14. Jornada | 16.11.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Bregalnica Štip | 5:2 | ||||
| 15. Jornada | 20.11.2016 | Makedonija GP | - | KF Shkëndija 79 | 0:4 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Rabotnički | 2:2 |  |
|||
| 17. Jornada | 30.11.2016 | FK Renova | - | KF Shkëndija 79 | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 04.12.2016 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pelister | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 19.02.2017 | KF Shkëndija 79 | - | Sileks Kratovo | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 26.02.2017 | Vardar Skopje | - | KF Shkëndija 79 | 3:1 | ||||
| 21. Jornada | 05.03.2017 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 12.03.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Pobeda Junior | 4:0 | ||||
| 23. Jornada | 18.03.2017 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkëndija 79 | 1:3 | ||||
| 24. Jornada | 02.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | Makedonija GP | 5:1 | ||||
| 25. Jornada | 05.04.2017 | FK Rabotnički | - | KF Shkëndija 79 | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 09.04.2017 | KF Shkëndija 79 | - | FK Renova | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 15.04.2017 | FK Pelister | - | KF Shkëndija 79 | 0:1 |
Macedonia del Norte