| 6. Jornada | 02.10.2016 | Platanias Chanion | - | Panetolikos | 0:0 |  |
|||
| 7. Jornada | 15.10.2016 | Panetolikos | - | AO Kerkyra | 4:0 | ||||
| 9. Jornada | 31.10.2016 | Panetolikos | - | PAS Giannina | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 27.11.2016 | Panetolikos | - | Xanthi FC | 2:3 | ||||
| 13. Jornada | 03.12.2016 | Veria FC | - | Panetolikos | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 11.12.2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 16. Jornada | 18.01.2017 | Panetolikos | - | AEK Athen | 3:2 |
Alemania