| 1. Jornada | 15.02.2009 | Cienciano | - | FBC Melgar | 2:1 |  |
|||
| 2. Jornada | 22.02.2009 | José Gálvez | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 01.03.2009 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 1:1 | |
|||
| 4. Jornada | 08.03.2009 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 0:2 | ||||
| 5. Jornada | 15.03.2009 | Cienciano | - | César Vallejo | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 22.03.2009 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 7. Jornada | 05.04.2009 | Cienciano | - | Sport Áncash | 0:0 |  |
|||
| 8. Jornada | 12.04.2009 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 19.04.2009 | Cienciano | - | Coronel Bolognesi | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 26.04.2009 | Juan Aurich | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 11. Jornada | 03.05.2009 | Cienciano | - | Alianza Atlético | 3:0 | ||||
| 15. Jornada | 24.05.2009 | Total Chalaco | - | Cienciano | 4:0 |
Colombia