| 20. Jornada | 18.02.2017 | FK Senica | - | MŠK Žilina | 2:0 |  |
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| 21. Jornada | 25.02.2017 | Spartak Trnava | - | FK Senica | 0:1 | ||||
| 23. Jornada | 11.03.2017 | FK Senica | - | Slovan Bratislava | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.03.2017 | AS Trenčín | - | FK Senica | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 01.04.2017 | FK Senica | - | MFK Zemplín Michalovce | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 07.04.2017 | 1. FC Tatran Prešov | - | FK Senica | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 15.04.2017 | Zlaté Moravce | - | FK Senica | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2017 | FK Senica | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 1:1 |  |
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| 29. Jornada | 27.04.2017 | FC DAC 1904 | - | FK Senica | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 06.05.2017 | FK Senica | - | MFK Ružomberok | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 13.05.2017 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 3:2 | ||||
| 32. Jornada | 19.05.2017 | FK Senica | - | Spartak Trnava | 1:0 |
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