| 1. Jornada | 01.03.2025 | FC Flora | - | JK Narva Trans | 2:2 | ||||
| 2. Jornada | 08.03.2025 | FC Flora | - | Pärnu JK Vaprus | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 15.03.2025 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:4 | ||||
| 4. Jornada | 29.03.2025 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 5:0 | ||||
| 5. Jornada | 05.04.2025 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 08.04.2025 | JK Tammeka | - | FC Flora | 1:2 | ||||
| 7. Jornada | 12.04.2025 | FCI Levadia | - | FC Flora | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 18.04.2025 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:0 |  |
|||
| 10. Jornada | 27.04.2025 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 2:3 | ||||
| 11. Jornada | 02.05.2025 | Pärnu JK Vaprus | - | FC Flora | 0:3 | ||||
| 12. Jornada | 09.05.2025 | Harju JK | - | FC Flora | 0:3 |
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