| 11. Jornada | 06.10.2012 | HNK Rijeka | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 21.10.2012 | Hajduk Split | - | NK Istra 1961 | 0:1 | ||||
| 14. Jornada | 02.11.2012 | Dinamo Zagreb | - | NK Istra 1961 | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 10.11.2012 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 3:0 | ||||
| 16. Jornada | 16.11.2012 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 2:0 | ||||
| 17. Jornada | 24.11.2012 | RNK Split | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 01.12.2012 | NK Istra 1961 | - | NK Zadar | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 07.12.2012 | NK Zagreb | - | NK Istra 1961 | 2:1 | ||||
| 20. Jornada | 16.02.2013 | NK Istra 1961 | - | Lokomotiva Zagreb | 2:2 | ||||
| 21. Jornada | 23.02.2013 | NK Osijek | - | NK Istra 1961 | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 03.03.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Rijeka | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 09.03.2013 | Hajduk Split | - | NK Istra 1961 | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 16.03.2013 | NK Istra 1961 | - | Dinamo Zagreb | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 13.04.2013 | NK Istra 1961 | - | NK Zagreb | 0:0 |  |
|||
| 28. Jornada | 19.04.2013 | NK Inter Zaprešić | - | NK Istra 1961 | 0:2 | ||||
| 29. Jornada | 27.04.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Cibalia | 2:1 | ||||
| 31. Jornada | 10.05.2013 | NK Istra 1961 | - | HNK Rijeka | 1:0 | |
|||
| 32. Jornada | 18.05.2013 | RNK Split | - | NK Istra 1961 | 0:1 |
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