| Grupo 5 | 17.02.2000 | Cerro Porteño | - | Atlético Junior | 1:0 | ||||
| Grupo 5 | 02.03.2000 | Atlético Junior | - | San Lorenzo | 3:1 |  |
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| Grupo 5 | 09.03.2000 | Atlético Junior | - | Universitario de Deportes | 1:0 | ||||
| Grupo 5 | 15.03.2000 | Atlético Junior | - | Cerro Porteño | 2:0 | |
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| Grupo 5 | 21.03.2000 | San Lorenzo | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| Grupo 5 | 06.04.2000 | Universitario de Deportes | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| Octavos de final | 03.05.2000 | Atlas Guadalajara | - | Atlético Junior | 2:0 | ||||
| Octavos de final | 10.05.2000 | Atlético Junior | - | Atlas Guadalajara | 1:3 |
Colombia