| 19. Jornada | 01.12.2012 | FK Dukla Banská Bystrica | - | MFK Košice | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 02.03.2013 | MFK Košice | - | 1. FC Tatran Prešov | 3:0 |  |
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| 21. Jornada | 09.03.2013 | MFK Košice | - | Spartak Myjava | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 30.03.2013 | Spartak Trnava | - | MFK Košice | 2:3 | |
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| 24. Jornada | 02.04.2013 | MFK Košice | - | Slovan Bratislava | 1:1 | |
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| 25. Jornada | 06.04.2013 | FK Senica | - | MFK Košice | 0:0 |  |
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| 26. Jornada | 13.04.2013 | MFK Košice | - | AS Trenčín | 0:0 | ||||
| 27. Jornada | 20.04.2013 | MFK Ružomberok | - | MFK Košice | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 11.05.2013 | MFK Košice | - | FK Dukla Banská Bystrica | 1:0 | ||||
| 29. Jornada | 14.05.2013 | FC Nitra | - | MFK Košice | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 18.05.2013 | 1. FC Tatran Prešov | - | MFK Košice | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 22.05.2013 | Spartak Myjava | - | MFK Košice | 1:0 | ||||
| 33. Jornada | 26.05.2013 | MFK Košice | - | MŠK Žilina | 2:2 |
Francia