| 1. Jornada | 27.08.2012 | Panionios GSS | - | Aris Saloniki | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 01.09.2012 | Veria FC | - | Panionios GSS | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 17.09.2012 | Panionios GSS | - | OFI Heraklion | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 29.09.2012 | Panionios GSS | - | AEK Athen | 1:0 |  |
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| 6. Jornada | 07.10.2012 | PAS Giannina | - | Panionios GSS | 1:2 | |
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| 8. Jornada | 27.10.2012 | Panthrakikos | - | Panionios GSS | 1:2 | ||||
| 10. Jornada | 11.11.2012 | Atromitos | - | Panionios GSS | 1:0 | |
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| 15. Jornada | 15.12.2012 | Panionios GSS | - | Olympiacos | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 06.01.2013 | Aris Saloniki | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 13.01.2013 | Panionios GSS | - | Veria FC | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 19.01.2013 | OFI Heraklion | - | Panionios GSS | 2:1 | ||||
| 19. Jornada | 26.01.2013 | Panionios GSS | - | Levadiakos | 2:1 | |
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| 23. Jornada | 24.02.2013 | Panionios GSS | - | Panthrakikos | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 03.03.2013 | PAOK Saloniki | - | Panionios GSS | 4:2 |  |
Grecia