| 2. Jornada | 12.08.2006 | VfB Auerbach | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 | ||||
| 3. Jornada | 20.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | VFC Plauen | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 26.08.2006 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:1 |  |
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| 7. Jornada | 30.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FSV Budissa Bautzen | 0:3 | ||||
| 8. Jornada | 14.10.2006 | Hallescher FC | - | FC Carl Zeiss Jena II | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 21.10.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | SV Dessau 05 | 1:0 | |
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| 10. Jornada | 28.10.2006 | FV Dresden-Nord | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 04.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Germania Halberstadt | 3:0 | ||||
| 12. Jornada | 11.11.2006 | FC Eilenburg | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 18.11.2006 | Rot-Weiß Erfurt II | - | FC Carl Zeiss Jena II | 1:3 | |
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| 14. Jornada | 25.11.2006 | FC Carl Zeiss Jena II | - | Energie Cottbus II | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 10.12.2006 | VfB Pößneck | - | FC Carl Zeiss Jena II | 0:0 |
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