| 11. Jornada | 05.05.2012 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 |  |
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| 13. Jornada | 19.05.2012 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 5:0 | |
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| 14. Jornada | 22.05.2012 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 1:3 | |
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| 28. Jornada | 15.09.2012 | FC Flora | - | JK Sillamäe Kalev | 4:0 | |
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| 29. Jornada | 18.09.2012 | FC Flora | - | FC Viljandi | 5:0 | |
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| 36. Jornada | 03.11.2012 | JK Narva Trans | - | FC Flora | 2:2 | |
Estonia