| 1. Jornada | 02.03.2013 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 4:1 |  |
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| 2. Jornada | 09.03.2013 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 | |
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| 5. Jornada | 06.04.2013 | FC Flora | - | JK Nõmme Kalju | 1:0 | |
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| 12. Jornada | 21.05.2013 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 6:0 | |
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| 17. Jornada | 08.07.2013 | FC Flora | - | Paide Linnameeskond | 1:0 | |
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| 22. Jornada | 09.08.2013 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:2 | |
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| 25. Jornada | 23.08.2013 | FC Flora | - | FC Infonet | 2:3 | |
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| 32. Jornada | 05.10.2013 | JK Nõmme Kalju | - | FC Flora | 2:2 | |
Estonia