| 7. Jornada | 14.09.2008 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 21.09.2008 | NK Croatia Sesvete | - | NK Varteks | 4:0 | ||||
| 9. Jornada | 28.09.2008 | NK Varteks | - | HNK Cibalia | 3:0 | ||||
| 10. Jornada | 05.10.2008 | NK Zadar | - | NK Varteks | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 19.10.2008 | NK Varteks | - | HNK Rijeka | 3:3 | ||||
| 14. Jornada | 09.11.2008 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 2:3 | ||||
| 15. Jornada | 16.11.2008 | NK Varteks | - | NK Osijek | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 23.11.2008 | HNK Šibenik | - | NK Varteks | 2:0 |  |
|||
| 17. Jornada | 30.11.2008 | NK Varteks | - | Dinamo Zagreb | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 22.02.2009 | NK Varteks | - | NK Croatia Sesvete | 2:1 | |
|||
| 20. Jornada | 01.03.2009 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 08.03.2009 | NK Varteks | - | NK Zadar | 2:0 | ||||
| 26. Jornada | 19.04.2009 | NK Varteks | - | HNK Šibenik | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 22.04.2009 | Slaven Belupo | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 28. Jornada | 26.04.2009 | NK Varteks | - | Dinamo Zagreb | 1:6 | |
|||
| 31. Jornada | 17.05.2009 | HNK Cibalia | - | NK Varteks | 2:1 | ||||
| 32. Jornada | 24.05.2009 | NK Varteks | - | NK Inter Zaprešić | 0:1 | |
Bosnia y Herzegovina
Croacia