| 17. Jornada | 28.02.2009 | FC Lugano | - | FC Thun | 3:1 | ||||
| 18. Jornada | 08.03.2009 | FC Thun | - | FC Winterthur | 2:4 |  |
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| 19. Jornada | 15.03.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 23.03.2009 | FC Thun | - | FC Concordia Basel | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 29.03.2009 | FC Thun | - | FC Lausanne-Sport | 2:0 | |
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| 21. Jornada | 04.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Thun | 2:1 | |
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| 22. Jornada | 09.04.2009 | FC Thun | - | FC Wohlen | 1:2 | ||||
| 23. Jornada | 17.04.2009 | FC Gossau | - | FC Thun | 4:3 | ||||
| 24. Jornada | 22.04.2009 | FC Thun | - | FC Stade Nyonnais | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 26.04.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Thun | 5:1 |  |
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| 26. Jornada | 04.05.2009 | FC Thun | - | FC Biel/Bienne | 2:2 | |
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| 27. Jornada | 09.05.2009 | FC Locarno | - | FC Thun | 4:1 |  |
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| 29. Jornada | 24.05.2009 | FC Thun | - | Servette FC | 3:0 |
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