| 3. Jornada | 12.09.2016 | AE Lárissa | - | AEP Iraklis FC | 2:2 | ||||
| 4. Jornada | 18.09.2016 | AEP Iraklis FC | - | Olympiacos | 1:2 | ||||
| 5. Jornada | 26.09.2016 | AEK Athen | - | AEP Iraklis FC | 0:0 |  |
|||
| 7. Jornada | 16.10.2016 | PAOK Saloniki | - | AEP Iraklis FC | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 23.10.2016 | AEP Iraklis FC | - | Atromitos | 1:2 | ||||
| 9. Jornada | 30.10.2016 | Panathinaikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | |
|||
| 10. Jornada | 07.11.2016 | AEP Iraklis FC | - | Platanias Chanion | 1:1 | |
|||
| 12. Jornada | 27.11.2016 | Levadiakos | - | AEP Iraklis FC | 3:0 | ||||
| 13. Jornada | 05.12.2016 | AEP Iraklis FC | - | PAS Giannina | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 11.12.2016 | Panetolikos | - | AEP Iraklis FC | 2:0 | ||||
| 1. Jornada | 03.01.2017 | AEP Iraklis FC | - | Xanthi FC | 0:1 |
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